Правильно ли, что в декларации о соответствии заявитель указан как генеральный директор, а декларацию принял и подписал сотрудник с МЧД?

Если декларацию подписывает сотрудник с МЧД, он считается лицом, принявшим декларацию. Даже если генеральный директор является руководителем организации и заявителем, фактически принявшим декларацию лицом будет сотрудник с МЧД. Это не ошибка и не нарушение, а корректное отражение факта подписания. Для того чтобы заявителем и подписывающим лицом был генеральный директор, нужно подписывать декларацию его собственной ЭЦП без использования МЧД.