Можно ли аннулировать одну из двух одинаковых подписанных деклараций и зачесть деньги по ней в счет другой декларации?

Технически это невозможно. Каждый черновик декларации соответствует одной декларации (ДС), и одна декларация не может быть аннулирована с зачётом суммы в другую. Деньги за декларацию не возвращаются.