Система ФГИС ФСА не позволяет использовать один и тот же протокол испытаний более чем в одной декларации о соответствии. При регистрации декларации система автоматически проверяет, не был ли этот протокол уже использован. Если выходит ошибка «Протокол уже использован», это означает, что данный протокол уже связан с другой зарегистрированной декларацией и использовать его повторно нельзя, даже если та декларация аннулирована.
Исключение составляют протоколы испытаний, относящиеся к техническим регламентам ТР ТС 001/2011, 002/2011 и 003/2011 — для них возможны многократные использования протоколов в рамках условий, указанных в самих регламентах.