Можно ли заменить действующую декларацию, в которой не учтен один протокол, новой декларацией, используя старые протоколы и добавив новый?

Нет, нельзя заменить действующую декларацию новой с использованием старых протоколов и добавлением нового. Это считается нарушением, а не допустимой ошибкой. Следует оформить новую декларацию с полным корректным комплектом протоколов согласно требованиям.