Да, при использовании правильно сформированного шаблона для формирования XML (например, с помощью Excel и макросов) можно указать в ячейке название файла скана протокола, и скан автоматически включится в итоговый XML-файл.
Важно следить за размером XML-файла, так как существуют ограничения на размер загружаемых файлов.
При наличии ЛИМС или специализированного программного обеспечения эту задачу автоматизируют для массовой передачи данных и сканов протоколов во ФГИС.