После подписания ОА в конфигураторе должны ли появляться два файла (pdf и файл с подписью) и где их найти?

Если Вы подписываете документы через конфигуратор, то все файлы ОА в виде архива должны появиться в загрузках. Если подпись осуществляется средствами КриптоПро или КриптоАРМ, два файла (pdf и файл с подписью) должны появиться на рабочем столе. Если же появляется только сообщение, что подпись корректна и файлов нет, следует проверить способ подписи.