Файл .sig, полученный с сайта налоговой, не используется при подписании документов во ФГИС ФСА.
В личном кабинете ФСА для подписания МЧД используйте встроенную кнопку «Подписать», которая открывает окно для электронной подписи. Подписывать МЧД должен представитель той организации, от имени которой выпущена МЧД, т.к. вход в ЛК должен осуществляться от этого лица.