Для автоматизации экспорта данных из протоколов используется специальный формат XML, который служит форматом обмена между программами. Можно:
- Использовать любой софт, который умеет формировать итоговый XML в нужном формате.
- Написать собственные скрипты (например, на Python) или использовать макросы Excel для получения корректного XML.
- Попросить разработчиков ЛИМС или другой используемой программы реализовать экспорт в требуемый формат.
Главное — итоговый XML должен соответствовать описанному формату взаимодействия.