Начисляется ли НДС на плату за выгрузку сертификата в размере 3000 рублей, или он уже включен в эту сумму?

Плата за выгрузку сертификата 3000 рублей включает в себя НДС. Это значит, что НДС уже учтен в указанной сумме, дополнительного начисления НДС не производится.