Что делать, если при подаче заявления на ПК-1 через личный кабинет по МЧД подпись руководителя автоматически ставится, но при сохранении заявления данные подписи исчезают и снова появляется подпись руководителя?

Не сохраняйте заявление в черновике перед отправкой. Если вы сохраните заявление до подписания, поле МЧД очистится, и вам придется прикреплять МЧД повторно непосредственно перед подписанием и отправкой. Рекомендуется непосредственно при отправке заявления ставить галочку ‘подписывается по МЧД’, чтобы данные автоматически вставлялись и оставались.