Если в платёжном поручении не указан ИНН организации, а указано назначение платежа, лицевой счёт, номер и дата счёта, нужно ли повторно оплачивать с указанием ИНН?

Лучше внести платёж повторно с указанием ИНН организации для корректности. Если в итоге потребуется оплатить только одну декларацию, то средства, направленные на лицевой счёт, можно вернуть.